2006年2月 校区防洪堤工程开工。坝段全长1150米，造价300多万元，永泰县水利水电工程公司中标承建。
2006年3月 二期学生公寓与食堂工程开工，造价约1700万元，由福建六建建工集团公司中标承建。
2006年3月 成立“平安校园”创建工作领导小组，陈明非任组长，陈雄任副组长。特聘荆溪派出所林存永副所长为院综治办副主任。
2006年4月 福建省卫生厅党组对院领导班子及其成员进行考核。
2006年4月 成立教职工防洪抗险队（3个分队），先后两次排除洪水倒灌和管涌险情，为确保学校师生生命财产安全发挥了重要作用。
2006年4、5月 举办校园文化艺术节。
2006年5月 田径运动场竣工，通过验收投入使用。
2006年6月 成功承办福建省卫生系统2006年运动会，有12个代表团、800多名运动员参赛。
2006年7月 院党建和思想政治工作研究会成立大会暨2006年年会、第二十届教研科研学术交流会召开。陈明非当选研究会会长，魏立娜、陈雄当选副会长。
2006年7月 校区防洪堤工程竣工。
2006年7月 06届学生毕业，其中大专生241名，中专生1038人，合计1279人。
2006年8月 公开招聘辅导员15人、教师3人，并进行全日制集中培训。
2006年8月 与长春医高专共同承办在长春举行的全国高职高专教育药学专业设置标准研讨会，并受聘教育部委托，由我校牵头负责制订药学专业设置基本标准。
2006年9月 新学年招收五年专新生850人，中专新生430人。
2006年9月 召开庆祝教师节暨2005－2006学年表彰大会，表彰教职工先进集体6个、先进个人91人。
2006年9月 药物制剂技术和医学检验技术两个大专新专业通过福建省教育厅专家组办学条件和教学管理检查。
2006年9月 全院固定资产核查清理工作结束。 2006年10月 二期学生公寓与食堂工程竣工投入使用。
2006年10月 福建省高等院校设置专家组对我院申报福建医学高等专科学校工作进行检查指导。在此前后，申报医高专和申请3868银河总站教育部报备工作紧锣密鼓进行，并取得较大进展。
2006年11月 福建省副省长汪毅夫，省政府副秘书长方彦富，省教育厅厅长鞠维强、副厅长郑祖宪，省卫生厅副厅长陈秋立等领导来校视察。上级领导对我校近年来的发展给予了高度评价。
2006年11月 第二十九届学生代表大会召开。
2006年11月 举办2006年体育节。这是我校迁入新校区后的第一个体育节，盛况空前。
2006年11月 与闽侯县公安消防一中队联合进行学生消防逃生演练。
2006年11月 教工餐厅自助午餐开业。
2006年12月 出版首期《福建职业技术学院学报》。
2006年12月 药学系制剂实训车间工程开标，福建鹏兴建设工程有限公司中标，工程造价200万元。
2006年12月 申报卫生检验与检疫技术、口腔医学技术、生物制药技术、医学影像技术、医学检验技术五个大专新专业获福建省教育厅标准。
2006年12月 屏障系统动物实验室获福建省科技厅颁发的STF级实验动物使用许可证，认定等级在我省医药类学校中仅次于福建医科大学。
2006年12月 校区一期基建工程通过福州市建筑工程消防验收。
2006年12月 福建省省属高等院校安全条件检查组来校检查。“平安校园”创建工作受到好评。
